La principal función del Programa de Fiscalización de Transportes es controlar el cumplimiento de las disposiciones de la Ley de Tránsito, sus reglamentos, y las de transporte y tránsito terrestre que dicte el Ministerio de Transportes y Telecomunicaciones o las Municipalidades, debiendo denunciar al Juzgado que corresponda, las infracciones o contravenciones que se cometan. Entre los aspectos que se controlan destacan:

1. La fiscalización de la calidad, condiciones técnicas y de seguridad de los servicios y vehículos de transporte público y privado de pasajeros, del transporte escolar y del transporte de carga.
2. La fiscalización del cumplimiento de las condiciones de operación de los servicios de pasajeros concesionados y de los servicios terrestres, marítimos, fluviales, lacustres, ferroviarios y aéreos que reciben subsidios para operar.
3. La inspección del buen funcionamiento de las plantas de revisión técnica, gabinetes psicotécnicos de los municipios y las escuelas de conductores.
4. El control de la informalidad en todos los modos de transporte.
5. El uso del cinturón de seguridad por pasajeros.
6. El control de evasión del pago de tarifas del Sistema de Transporte Urbano de Santiago, Transantiago.
7. El control de emisiones vehiculares de buses y camiones.
8. La fiscalización del correcto uso de vías exclusivas y pistas solo buses.