La Subsecretaría de Transportes fue creada mediante el Decreto con Fuerza de Ley N° 88 del 12 de mayo de 1953, dependiendo en un primer momento del Ministerio de Economía y Comercio. A contar de julio de 1974, mediante D.L. N° 557, esta Subsecretaría pasa a formar parte del Ministerio de Transportes y Telecomunicaciones.

Su principal función apunta a promover el desarrollo de sistemas de transportes eficientes, seguros y sustentables, a través de la definición de políticas y normas y del control de su cumplimiento, para contribuir a la integración territorial del país, favorecer el desarrollo económico y asegurar servicios de alta calidad a los usuarios.